連云區住房和城鄉建設局現有內設機構8個(辦公室、城鄉建設科、市政綠化科、房產與征收管理科、交通運輸科、安全生產監督管理科、督查統考核科（統計科）、城建監察科)，全額撥款事業單位6個(連云區建筑工程招標投標管理辦公室、連云區城鄉建設服務中心、連云區房屋征收服務中心、連云區建設工程質量安全監督站、連云區總工程師辦公室、連云區物業管理中心)，差額撥款事業單位1個(連云區公用事業發展中心)。